L’histoire de Moulin-Neuf est exemplaire. La petite commune unie que l’on connait aujourd’hui, était hier un lot de hameaux ballotés d’une paroisse à une autre, servant de monnaie d’échange aux petites cités avoisinantes. Faisant d’abord partie de la paroisse de Le Pizou avec l’Isle comme barrière difficile à franchir, rattachée à Villefranche de Lonchat avec laquelle elle n’avait aucune frontière commune, elle fut ensuite donnée à Minzac qui s’en soucia peu. C’est ainsi que les habitants ont dû seuls se battre pour exister, jusqu’à la création de la commune en 1906.

La commune doit son nom à l’existence d’un moulin construit en 1620 à cheval sur l’Isle ; il a été détruit par les inondations de 1826 et supprimé en 1827 pour les besoins de la navigation.

Venant de Bordeaux pour aller à Périgueux, en empruntant la RD 6089 Moulin-Neuf est la 1ère commune rencontrée, sitôt franchie la limite des départements de la Gironde et de la Dordogne. C’est l’une des portes de ce département, traversée par un axe routier important RN 89 (Bordeaux-Lyon) devenue la RD 6089 et l’autoroute A 89 à quelques kilomètres des échangeurs Est-Ouest.
Entre la région de la Double au nord et celle du landais au sud, on trouve la commune de Moulin-Neuf dans le bassin inférieur de l’Isle, qui lui sert de limite avec la commune de Le Pizou.

Enfin, elle est approximativement à égale distance de Bordeaux et de Périgueux (60 km), à 30 km de Libourne, à 50 km de Bergerac, à 22 km de Castillon-La-Bataille…